海洋深層水是指深度200公尺以下的海水，具有低溫、潔淨、富含營養鹽之特性，台灣東岸是少數可以取得海洋深層水的地區，台肥集團利用原花蓮廠區，建立了海洋深層水工廠及園區，自太平洋662公尺深，以高科技提取八十多種深海礦物質及微量元素；並與國內大學及醫學中心合作，研究深海礦物質的各項保健功效。其中含深海礦物質的「海礦1400」，是國內第一也是唯一確認有保健功效的「健康水」，證實它「有助於降低血液中總膽固醇」，顛覆一般人對喝水的既有概念。台肥集團也在台灣、中國大陸取得數項製造及功效發明專利，證實海洋深層水對提升健康確實有效。
位於七星潭附近的「台肥海洋深層水園區」，以深層海水養殖魚、蝦和藻類，利用海洋深層水平均只有攝氏9度低溫的特性，四季調節養殖池水溫，飼養如龍膽石斑、燕魚等高價值的魚種，海洋深層水潔淨及富含營養鹽的特性，也利於養殖紅江蘺、海木耳及石蓴等新鮮水產品。過程中搭配台肥微生物製劑「活力漁寶1號」，添加在魚飼料中，具有降低魚隻生病、減少養殖用藥及降低飼料成本等效果。
以海洋深層水培育的水產，魚蝦肉質Q彈、膠原蛋白豐富，海藻營養價值高，完全不含抗生素及重金屬，是能讓消費者喜愛的安心食品。
台肥公司身為國內肥料主要生產者，長期負有供應國內化肥農需、照護農民及配合達成政府政策之使命。有鑑於國內農業逐步轉型，全民重視健康與食安問題，積極投入有機農業領域。台肥在苗栗設有示範農場，利用有機質肥料、活力生技營養劑等在農場中建置有機栽培技術，已應用的作物有草莓、小番茄、洋香瓜、蔥、A菜、茄子等作物。「有機質及微生物肥料」與「傳統化肥」相較，能有效提高作物養分吸收促進生長，亦能防治部分病蟲害。
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